
La historia comienza 3 meses
después del Camino Imperial. Arion (el protagonista) vuelve al Raimon, su
instituto, pero se da cuenta de que todo ha cambiado. Los miembros del club  ya no son jugadores de fútbol, de hecho, no
hay ningún club de fútbol en la escuela. JP, su mejor amigo, no se acuerda
de él y está en otro club diferente a Arion. La verdad es que nadie del club de
futbol se acuerda de él. ¿Es un mundo paralelo? Eso es lo que Arion supone.
Entonces aparece Fei Rune, un chico llegado del futuro para restablecer el
mundo del fútbol, acompañado de un robot en forma de oso llamado Clark von
Wunderbar quien hará de entrenador para el nuevo equipo del Raimon, y le
explican todo lo sucedido a Arion. En el futuro, hay una organización llamada El Dorado, que desea destruir el fútbol a toda costa. Le asignan ésta misión a Alpha, uno de los comandantes del Dorado, y su equipo, Protocolo Omega preparado para esta misión.
Después, Wonderbot y Fei le
muestran la Caravana Inazuma MT con la que deberán viajar por el tiempo
buscando a los antiguos famosos personajes japoneses como: Nobunaga Oda
disparándolos con unas pistolas que recogen toda la energía de su poder y se la
otorgan al jugador este fenómeno se llama mix-max para recuperar el fútbol.
Eventualmente, el club de fútbol
del Raimon regresa, Mark el entrenador del Raimon es secuestrado y visitan a David
Evans el abuelo de Mark años atrás. Ahora, con la ayuda de David, los chicos
deberán viajar a varias épocas y reunir las auras de personajes históricos
japoneses como: Nobunaga Oda, disparándolos con unas pistolas que recogen toda
la energía de su poder y se la otorgan al jugador este fenómeno se llama
mix-max, para formar el equipo definitivo. Durante la aventura, se les unirán
nuevos y viejos amigos quienes ayudarán a derrotar a los antagonistas.
Novedades
- Se añade una nueva función a los Espíritus Guerreros llamada la Armadura de Espíritu Guerrero. Consiste en
     que el espíritu guerrero se convierte en una armadura para su usuario. Las
     armaduras aumentan el poder del jugador y las supertécnicas. 
 - En esta entrega, las armaduras
      duran dependiendo de los PEG del espíritu guerrero y las supertécnicas no
      consumen PT por lo que puedes usarlas las veces que quieras hasta que se
      acabe la barra de PEG. 
 - Para conseguir la armadura con
      cualquier jugador, debes terminar la historia y hablar con el anciano que
      está ubicado en la Torre Inazuma del presente y pagarle con
      las monedas de espíritu guerrero.
 - Se añade la posibilidad de
     fusionar a un jugador con el aura de otro por medio del Mixi Max. El
     Mixi Max aumenta las características del jugador y permite tener dos
     supertécnicas y el espíritu guerrero del jugador al que le prestará su
     aura. Pero solo puedes tener 3 Mixi Max activos durante el partido.
 
- Los Best Match Mixi
      Max ocurre
      si él jugador  presenta cambios en
      su apariencia, y debido a esto, obtiene una supertécnica adicional. Sin
      embargo, solo muy pocos jugadores pueden obtener dicho beneficio ya que
      los demás solo obtendrán el color del jugador al que le prestó su aura. 
 - También puedes hacer la
     armadura con el Mixi Max. 
 - El número de personajes
     fichables aumentó a 1500. 
 - Ahora podrás viajar a varias
     épocas en el tiempo. 
 - Ahora se puede saber el poder
     y/o el daño que puede provocar una supertécnica por los puntos de valor. 
 - Ahora los porteros tienen una
     barra que se llena cuando despeja un tiro. Al llenarse, no podrá parar el
     tiro. 
 - Dependiendo de la edición que
     juegues, habrá muchos elementos y se les unirá un viejo rival en la
     historia. 
 - En la edición Llamarada, te
      enfrentarás al equipo Garras
      del Sur capitaneado por Ban Yamano . 
 - En la edición Trueno, te enfrentarás al equipo Colmillos
      del Norte  capitaneado por Hiro Oozora. 
 - Al ganar al equipo de su
      respectiva edición debes interconectarlos para jugar contra el equipo
      combinado definitivo The Excellar. 
 - Se añaden las Parallel Stone. Como su nombre lo indica, son
     unas piedras paralelas que permiten ver eventos alternativos a la historia
     principal. 
 - Regresan muchos personajes
     fichables y supertécnicas de videojuegos anteriores. 
 
Diferencias con GO
- Ahora pueden haber 4 personas
     en la charla 3D y los personajes ahora son más expresivos tanto con las
     charlas 3D como los Sprites. 
 - A partir de este juego, a parte
     de tener su propia banda sonora, también tiene algunas de la trilogía
     original. 
 - Ahora se pueden tener dos espíritus guerreros. 
 - A partir de este juego, en las Cadenas de Partidos, habrá equipos al nivel 99, los jugadores
     rivales tendrán estadísticas muy altas de lo normal e incluso pueden tener
     las técnicas evolucionadas y espíritus guerreros que normalmente no
     tienen. 
 - Los objetivos en los partidos
     ahora se completan con una serie de pases hasta llenarse una barra. La
     barra a veces se llena de una vez si anotas un gol. 
 - En los partidos y las
     pachangas, en la pantalla 3D ahora se ven los jugadores enfrentándose. 
 - A parte de eso, ahora al
      regatear o quitar el balón, el jugador puede decidir el ir por la
      izquierda o por la derecha. 
 - La galería de las supertécnicas
     ha sido mejorada notoriamente ya que ahora te muestra la foto de esa
     supertécnica. 
 - Se añaden más posibilidades de
     fusionar a dos o tres espíritus guerreros.
 
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